Cuando un trabajador está imposibilitado temporalmente para laborar como consecuencia de una enfermedad o un riesgo de trabajo, el médico tratante del IMSS le expedirá un certificado de incapacidad, con el fin de justificar ante su patrón su ausencia en el trabajo durante los días que requiera para su recuperación.
Esta incapacidad le da derecho al trabajador a recibir diversas prestaciones que ofrece el Instituto, entre ellas, el subsidio por incapacidad, siempre y cuando cumplan con los requisitos establecidos en la LSS, tal y como se muestra a continuación:
| Ramo | Semanas cotizadas | Porcentaje de pago | Límite de pago |
| Riesgo de trabajo | No requiere semanas cotizadas | 100% del SBC registrado en el IMSS cuando ocurra el riesgo | Desde el primer día de incapacidad hasta el término de 52 semanas, según lo determinen los servicios médicos del IMSS |
| Enfermedad general | Cuatro semanas inmediatas anteriores al inicio de la enfermedad; salvo que el trabajador sea eventual, en cuyo caso se requieren seis semanas en los cuatro meses anteriores al inicio de la enfermedad | 60 % del SBC registrado en el IMSS al inicio de la incapacidad | A partir del cuarto día de incapacidad y hasta el término de 52 semanas; este lapso se podrá prorrogar hasta 26 semanas más, según lo determinen los servicios médicos del Instituto |
| Maternidad | 30 semanas en los 12 meses anteriores al primer día de incapacidad. Cuando la asegurada no cumpla con este requisito, quedará a cargo del patrón, el pago del salario íntegro, mientras dure el periodo de incapacidad | 100 % último SBC registrado en el IMSS al primer día de incapacidad. En caso de incapacidad de enlace se pagará el 60 % del SBC por día autorizado
| Durante los 42 días previos y posteriores al nacimiento del bebé. No obstante la trabajadora puede solicitar la transferencia de una hasta cuatro semanas previas al parto para después, siempre y cuando su médico tratante lo autorice |
En los casos que el IMSS pague los subsidios por incapacidad, el patrón no está obligado a emitir un CFDI por este concepto, ya que no media base salarial; contrario a lo que sucede cuando el subsidio incapacidad es pagado directamente por el patrón, en donde sí debe emitir el CFDI por dicho pago.
Este criterio ha sido sustentando por la autoridad mediante la siguiente respuesta:
